從目前農村污水處理運行情況來看，東部大部分農村地區已經實現或者正在實現市場化運行處理，而中西部依靠傳統支持方式運行處理的較多。兩種機制有其共同面臨的不足，也有各自特點。

　　(一)污水處理意識不強。農村的生態環境和人文環境，對農民的環境保護意識有較大影響，加上長期以來形成的小農意識，農村對于污水處理的意識較之城市有一定差距。比較顯著的例子就是無害化廁所的推行。全國目前仍有近70%的農村未能使用無害化廁所，根據山西省頒布的城鄉愛國衛生清潔運動方案，到2015年底，農村無害化衛生普及率要達到58.88%，但是實際運行過程中，無害化公廁的推進進展緩慢。無害化公廁能有效處理生活污水，保護土壤以及地下水，但是多種原因導致農民對于此熱情度顯然不高。

　　(二)農村污水處理設施建設缺乏且不平衡。在我國廣大農村，污水處理設施建設普遍較少，規格較低，且呈現東強西弱的局面。很多污水并未經過處理就直接排入溝渠之中或者某一區域地面上，在農村中廣為推行的修建沼氣池，雖然數量持續增長，但仍不能滿足污水處理需求。而且沼氣池標準不一，覆蓋區域也不盡相同，東部覆蓋面較廣，中西部則較差，沼氣技術及使用不足，也影響污水處理效果。另外，有些經濟條件較差的地區對其重視不足，投入不足，基礎設施建設不大，重城市輕農村等也是重要原因。

　　(三)污水處理市場化運行不完全。污水處理市場化運行，既需要投資打下基礎，又需要市場化運行作為維持。建造污水處理設施，一般來源于撥款，村委會也要自籌一部分資金。但是當前情況下，經濟條件較好的地方投入較大，較差的地方投入不足，村委會自籌資金也往往較為缺乏，造成基礎設施建設緩慢，導致市場化運行也進展緩慢。在市場化運行方面，污水處理市場化目前還主要在城市方面有所突破，在農村則較為有限。即便是在城市已有成功經驗的BOT、TOT等運營模式在農村也難以打開市場，對于污水處理的收費在農村也難以達成一致。這些都影響了污水處理的維護運行。